Il museo è stato fondato da Kašpar Maria Šternberg e František Palacký nel 1818 per preservare il patrimonio e l'identità ceca. All'inizio il museo si concentrava sulla storia naturale con l'aiuto delle donazioni dell'aristocrazia. Dal 1885 al 1891 fu costruito l'edificio storico neorinascimentale in Piazza Venceslao che oggi è considerato un simbolo di orgoglio per ►