Museet grundades av Kašpar Maria Šternberg och František Palacký 1818 för att bevara det tjeckiska arvet och identiteten. I början fokuserade museet på naturhistoria med hjälp av aristokratidonationer. Från 1885 till 1891 byggdes den historiska nyrenässansbyggnaden på Vaclavplatsen och anses nu vara en symbol för stolthet för Tjeckien.
Under de två världskrigen led museet och ►